孫雲燾教授於2000年臺大醫學院103週年院慶大會上,將珍藏的第一批藥學文物贈予院方,以供籌備藥學博物館。十餘年來原規劃設於整修後之藥學館,由於經費尚缺,未能實現。由醫學院轉交本院之二批文物則待機會展示。2005年適逢孫教授逝世十週年,系上在臺大藥學北美校友會經費襄贊下,於水森館設立「雲燾迴廊」以緬懷恩師,也讓往後許許多多的系友師生以及各界人士,藉由參觀其內的展示與解說更加瞭解系所歷史與發展,歷屆系友在世界各地的貢獻。
迴廊展出孫教授典藏的部分文物,如醫藥郵票、藥盒、研缽集錦、甲骨文墨寶等,諸多照片與原文的記述,充分呈現了這位一代儒師是充滿人文情懷的藥學專家,也呈現孫教授對於臺大藥學的熱愛與貢獻,對於臺灣藥事政策的引領、藥物品質的規範與提升、以及國際藥學的推廣。